カトリック元町教会は、ハリストス正教会の北側にあります。

1859年創建、現在の建物は1923年に再建されました。当時函館火災のお見舞いとして大聖堂内の祭壇一式がローマ法王から贈られました。ローマ法王から贈られた祭壇は日本で唯一のものとなります。

徳川幕府のキリシタン禁教令が廃止されるのに先駆け、キリスト教宣教再開の象徴として、横浜と長崎に建立するカトリック教会と並び、国内では最も古い歴史を持ちます。